12月7日，所有能收听短波收音机的人都坐在收音机旁，收听罗斯福总统(President Roosevelt)呼吁日本天皇制止军方行动的声明。第二天清晨，暴风雨袭来。上午8点刚过，一队日本兵闯入北京协和医院，关闭了所有的门，在整个建筑周围设立了警戒线，禁止所有人出入。与此同时，日本兵进入了英家大院的院长住宅，霍顿博士正在那里与其他家属已撤走的医生一起用早餐。
哈罗德.劳克斯(Harold Loucks)博士头天晚上曾用几个小时与霍顿博士讨论万一日美最终决裂，应采取哪些措施的问题。早上8点，在从上海的无线电广播中听到了日本袭击珍珠港事件后，匆忙打电话将这一消息通知霍顿博士。另一位职员在电话中简单地回答说：“是的，我们已经听到这个消息了。日本兵现在正走进大门。”霍顿博士及另两位美国人立即被拘留。他们将在日军的监狱中渡过4年漫长的铁窗生涯。
第二天，包括“敌对的外国人”在内的大多数工作人员都被允许报到上班，日本军方甚至敦促这样做。日本指挥官允许学生去上课，正常的教学工作于12月15日恢复。但是，根据日本官员的命令，12月8日后，病房不得接收任何新患者。从那天起，门诊部被关闭了。前景看来不妙。
1月19日，日本指挥官命令停课，所有学生必须离校。学医疗和护理的毕业班学生提前得到了通常于6月才颁发的毕业证书。北京协和医学院完全落入了日本人手中。
试图将医务人员转到另一家医院的努力毫无结果。日本人不想让北京协和医学院的传统在其他地方继续传播。尽管如此，许多医务人员一个接一个地被中央医院接收。因此，在一年的时间里，他们构成了一个真正的北京协和医学院团体。其他人则找到机会越过战线逐渐进入中国西部。学医疗和护理的学生被转到其他学校。
到了1945年夏天，有报道说，已看到美国飞机掠过北京上空，这使身陷囹圄的医生们深受鼓舞。8月15日，霍顿博士获悉日本投降。几天后，他被释放出狱。
霍顿博士迅速视察了北京协和医学院，以评估情况，接着又于9月27日前往纽约。在纽约的一次特别会议上，他向董事会提交的报告成了规划北京协和医学院前景的第一步。他说，医学院的建筑结构未遭破坏，但校舍已脏乱不堪，许多可移动的设备已不见踪影，发电厂设备需要彻底更换。
幸运的是，学校藏书丰富的图书馆和门诊病历完好无损，这要归功于一位名叫松桥(Matsuha- shi)的日本少佐的努力。此人战前曾利用过这座图书馆，深切体会到它在科学上的重要性。图书馆除了重要的西医课本外，还有在1936－1937年获得的关于传统的中医体系的丰富藏书。这些中国书籍在日军攻击珍珠港之前已被复制在微型胶片上，至今仍珍藏在美国首都华盛顿的美国国会图书馆(U.S. Library of Congress)内。北京协和医学院的医学藏书后来被评估价值200万美元。一份报告称其构成了“该医学院最重要的知识财富”。
1947年1月，洛克菲勒基金会宣布向中国医学委员会拨出最后一笔为数1千万美元的捐款，资助北京协和医学院，使自该校1915年建立以来对它的总投资额高达4460万美元，成为洛克菲勒基金会有史以来在单一计划上投入的最大数额的捐款。该基金会指出，这笔最后的捐款完成了自1915年以来所承担的任务，并在一封给中国医学委员会成员的信中解释说：“北京协和医学院新系科的建立，或对现有工作的进一步支持，必须留待该校其他朋友完成。洛克菲勒基金会不能再捐助了。”
1947年3月12日，董事会举行了一次会议，就北京协和医学院的重建采取了第一个步骤，任命李宗恩为新院长。董事会还表示，希望在即将到来的秋季，学生可再次进入这所学校上学，北京协和医院也可在学校开学前后重新开诊。
李博士以前曾在北京协和医学院任教达14年，1937年越过多道军事防线来到中国西南参加抗日斗争。他一回到北京，马上着手筹办这一耗时费力的复校任务。由于自上海的东南医学院，北京的北京大学医学院和清华大学借聘了5位交换教授，北京协和医学院正式讲课于10月27日恢复。大体解剖学是靠从北京大学“借来”的两具尸体开课的。显微解剖学幻灯片则是从散落在楼内各个地方的杂物堆中找回的。
聂玉婵女士是北京协和医学院护士学校校长，她带着50名学生和教师于4月24日离开成都前往北京。这长达1900公里的跋涉是靠步行、坐大车、乘满是臭虫的公共汽车和卡车完成的。他们于6月中旬到达北京，并开始为秋季重开护理课作准备。
与此同时，北京日益意识到军事形势发展和政治交替的临近。八路军正逐渐逼近北京，它与傅作义将军率领的国民党军队之间的战斗可谓一触即发。北京城里谣言满天飞，北京协和医学院也是如此，但教师和学生仍保持着高昂的士气。
12月4日，北京市内的情况很稳定，以至于打给中国医学委员会的一封电报以熟悉的安慰语气结束电文：“这里一切平静。”但这只是假象而已。12月15日，风云突变，局势紧张。北京的西部已能听到枪声，那是共产党军队和国民党军队发生冲突的地方。城门关闭了。
1949年1月的大部分时间里，傅将军的国民党军队一直在城内，而八路军则在城外。到1月底，双方达成停火协议，国民党军队开始撤出北京。铁丝网被拆除，交通得到恢复，生活回归正常。
2月3日，共产党军队安排了一次历时4小时壮观的阅兵式，以庆祝解放日，广大北京市民热烈欢迎胜利之师。共产党军队的士兵秋毫无犯，买东西付钱，表现得极为出色。
正当北京协和医学院静观新政府会作出何种影响协和医院变化之时，美国高级职员回国述职。
与此同时，北京市一切照常进行。1950年夏天，33名学生参加了北京协和医学院的入学考试，25人被录取。该医学院的护士学校也收了25名学生。校舍外部重新刷漆，订了全年的购煤合同，购买并安装两台新锅炉以替换现有锅炉的计划已制订完毕提交董事会考虑。中国医学委员会为1950-51年度工作预算拨款60万美元已获认可，其中包括官方要求的将工资总额的2%拨给新成立的医学院工会，学校欣然接受上述拨款。
但是，1950年11月，中国参加了朝鲜战争。这清楚地表明，当时在美国的4名美国职员返回北京已显得不合时宜了。这4人取消了预订的船票，深感失望，但心里明白，他们没有可能在近期返回中国首都。惟一令人欣慰的是，美国人的离
开可以为李博士减少麻烦。劳克斯博士在给李博士的信中写道：“美国人从你们中间消声匿迹或许正是塞翁失马安之非福。”11月30日，这4名美国人全都辞去了他们在北京协和医学院的职务。
12月18日，美国财政部 (U.S. Treasury Department) 正式冻结了所有与中国的金融业务以及与中国有关的银行账户。尽管成功的希望十分渺茫， 劳克斯博士马上寻找给于北京协和医学院汇款特别许可证的途径。对运往中国的货物也实行了禁运。
1951年1月17日，劳克斯博士致函李博士说已克服了第一道障碍，可以使用于北京协和医学院的基金部分解冻。1月23日早上，李博士简短的回电被送交中国医学委员会：
“1951年1月来函回复：1月20日本院收归国有。”
这是来自这所学校的最后的直接通话。中国医学委员会与北京协和医学院漫长和富有成果的合作的岁月到此突然划上了句号。
几个月后，心情沮丧的小约翰.D. 洛克菲勒(John D. Rockefeller Jr.)写信给一位朋友，称他对北京协和医学院脱离中国医学委员会深感遗憾，但他希望这所学校将继续执行它的使命。“我们不应认为这必将意味着，这所学校的用武之地提前终止了，其实不过是换了一种管理而已……让我们希望、祈祷和相信，所有一切必将有最完美的磆结果。”
多年后，洛克菲勒基金会的福斯迪克先生写道，中国医学委员会和北京协和医学院的故事使人回想起“一个崇高事业中的光荣成就。它不得不就此结束了，真是令人遗憾。但是，我无法相信它失败了。”如果洛克菲勒先生和福斯迪克先生今天能够归来，他们无疑会高兴地看到，他们没有失败。今天，北京协和医院仍是亚洲一流医疗中心中的一个，它目前的医务人员仍在提供高质量的卫生保健和世界水平的医学教育，这正是差不多一个世纪前这所医学院的创建者所希望的。