正式的开学典礼于1921年9月举行，一位心情激动的参加者这样描述道：
“初秋的北京分外美丽。胡同里不像平时那样尘土飞扬令人窒息……透过清洁的空气，远处的西山呈现出绿色和紫色；点缀着玲珑小亭的景山在眼前突兀而起，还有皇城那巨大的城门和金色屋顶的紫禁城，绿色大屋顶的豫王府与之相比并不逊色，那是我们的新医学院和医院。”
光临的科学代表团来自世界各地，远至日本、朝鲜、印度尼西亚、菲律宾、英格兰、苏格兰、爱尔兰、加拿大和美国，中国的许多省也派来了代表。
“9月19日这一天，声名显赫的学者行列可谓对比鲜明，引人注目。来自东方和西方的科学家，穿着西式学者服装一起行进，缓缓地从高大的绿瓦飞檐下走过，经过现代化的实验室和古老的运水车，穿过一排排学西医的学子，一群群好奇的苦力和无所不在的乞丐。街道上手艺人唱歌般的吆喝声与新管风琴奏出的军乐旋律融汇在一起。与此同时，学者行列涌入一个漂亮的庙宇式建筑，里面其实是一座现代化的礼堂。”
洛克菲勒先生从美国远道而来致开幕词，展望未来并希望有朝一日将这所学校交给中国人：
“显而易见的是，无论西方医学能为中国提供什么援助，对中国人民来说用处不大，除非它被中国人接管，并成为中国国民生活的组成部分。因此，我们必须企盼有朝一日，这所学校的大多数职务，如果不是全部的话……都由中国人担任；而学校的董事会……将有著名的中方人士参加；除学杂费收入外，目前这所学校所需的资助和外国捐款……正如世界其他国家类似级别的医学院校的情况一样，将由来自中国人的捐款和中国政府的补贴所取代。让我们携手朝着这一目标向前迈进，这将使西方所能提供的最佳医学永远扎根于中国的土壤。”
这所学校还得益于经常来访的科学家和教师，他们在北京时很高兴来北京协和医学院讲课，并与该校教师展开讨论。这些访问学者使他们工作的各个系增强了实力，对消除北京在科学上与世隔绝的感觉来说也至关重要。他们回国后，还可以使整个西方世界对这一教学项目有更好的了解，有助于使这所学校成为全亚洲一所科学中心。
第一届学生于1924年毕业，总共只有3名医生和1名护士。但是，北京协和医学院在努力奋斗，使将来的学生在质量和数量上都有所提高。
北京协和医学院创立后的几年中，政治动荡，战火纷飞。1923年，国民党与苏联和中国共产党合作。1925年3月，孙中山逝世。1925年7月1日，国民政府在广州成立。随后，蒋介石于1926年开始北伐。1927和1928年，国民党内的激进派与温和派之间发生了激烈的冲突，汉口和南京成了对立的首都。1928年6月，被国民党击败的互相争斗的将军和派系将汉口拱手让给了国民党人。
在这些艰难的岁月，北京协和医院及其门诊部满负荷运转，显示出北京协和医学院已为北京广大市民所接受。
1928年6月，新政府的教育部在其颁布的第一批政令中宣布，高等学府的校长必须是中国人，学校董事会的绝大多数董事也必须是中国人。第二年4月，在纽约举行的北京协和医学院董事会年会上，美国董事一个接一个地递交了辞呈，投票选举他们的中国继任者。新的董事会由一些著名中国人士组成，包括胡适，他是一名出色的哲学家和外交家，在哥伦比亚大学(Columbia University) 获得了博士学位，此外还有张伯苓博士、伍朝枢博士、施肇基博士、周诒春博士、翁文灏博士，以及曾任该校第一位中国人院长的刘瑞恒博士等医学界泰斗。
北京协和医学院的学生和教师小心地避免卷入政治，但却非常积极地为中国作出贡献。1931年夏天，一支医疗队前往南方，为在国民党与中国共产党军队的武装冲突中受伤的人治疗。9月，应全国水灾赈灾委员会请求，帮助在秋季和冬季预防疾病，并治疗因灾难性的夏季洪水而沦为难民中的患者。（有关查尔斯.林德伯格和1931年南方洪水，请阅2000年第一期《交流》杂志中《林德伯格夫妇协助中国抗洪》一文）。
进入30年代，来自中国各地的研究生继续涌入这所学校；门诊部人满为患，不堪重负，医院病床短缺。与此同时，这所学校在其他方面也给中国留下了印记。
中国医学委员会着手进行一项计划，以帮助在现有的高等学校发展理科教学，使它们最终能为北京协和医学院提供足够的人才。这些学校包括圣约翰大学、北京大学、清华大学和南开大学。这种援助包括为新的建筑和设备提供资金，为聘用更多教学人员提供工资，并为研究生提供奖学金。这一计划成就卓著，以至到了1925年夏天，存在了8年的医学预科学校已经可以关闭了。不久，中国各地的学院和大学都提高了它们的理科教学标准，这最终影响到其他领域的学科。因此，以为北京协和医学院收取合格学生开始的一项权宜之计，实际上对整个中国的教育产生了范围极广的影响。
1926年，北京协和医学院的解剖系引起了广泛的关注。当时，戴维森.布莱克(Davidson Black) 博士根据在周口店发掘的一块牙齿化石，确定出一个独特的人种，随后由于在同一地点发现了第一块中国猿人头盖骨而得以证实，这即是举世闻名的“北京人”。到那时，发掘和研究工作是在中国国家地质调查局新生代实验室的控制下进行的，布莱克博士为该室荣誉主任。北京协和医学院则提供研究实验室，这为该院带来极大的信誉。1934年3月15日布莱克博士去世，给北京协和医学院带来沉重打击，也是布莱克博士在其中发挥至关重要作用的中国古生物研究的一大损失。
1920年2月，艾达.普鲁伊特(Ida Pruitt)女士被任命为北京协和医院的社会工作者。随后的18年中，普鲁伊特女士为中国的医学社会服务工作开辟了一片新天地，并在北京协和医学院组织了一个高效率的部门。她还将工作人员派往中国各地，对全中国的社会服务发展产生了重要的影响。
1937年7月，日军士兵有意挑起与中国军队的战斗，引发了卢沟桥事变。此后有一段短暂的平静，随之而来的是一个紧张和焦虑的时期，所有通讯都受到了日本人的干扰。对北京协和医学院来说，1937年余下的时间是令人不安的。9月9日，学校管理部门建议，工作人员中的所有美国公民，如果愿意听从美国国务院的劝告，应在条件还许可的时候考虑离开中国。没有一个人选择这
样做。
与此同时，中方的初级和高级工作人员受到压力，要求他们加入华北以外组织起来抗日的民政或军事政府机构。许多人通过各种渠道前去担任在非占领区运作的医疗和卫生机构的职务。其他一些海外归来的学子，一到上海或香港，便被分到政府的工作部门。
9月9日，北京协和医学院又开学了，到校的学生只占原有学生人数的65%。几个星期后，其他学生或孤身一人或结成小组，大都绕经危险路线陆续来到学校。到10月底，可能来上学的110名学生中，已有93名前来报到，另有一些与他们的母校失去联系的借读生。此时称为护士学校的学生人数已满，无法返校的学生由那些受阻无法离开北京去国外或中国其他地方学习的有出息的少女所取代。
第二年6月，这所学校设法摆脱了国民党政府要它参加镇压共产党运动的压力，借口是课程已经结束该放暑假了。北京协和医学院有一既定政策，即不参加任何性质的政治活动。有一天，中国警方的一个“搜查队”及一些日本平民来校搜查共产党的材料，校方在这批人无法拿出必要证件的情况下将他们拒之门外。几小时后，他们拿着合法证件返回，但并未找到“颠覆性”材料。
接下来的几年中，整个华北和东部沿海地区都被日军占领，几乎所有北京协和医学院的中国人和外国人家庭都受到了影响。生活费用不断上升，日本人加强了对生活各个方面的控制。检查和监视无所不在。有时，朋友和同事失踪了，没有人敢公开询问他们的下落，但私下传言说他们在日本人的监狱中。此外，学校管理部门开始担心，从纽约安全地往学校汇款的时间还能持续多久。
面对这些艰难困苦，对学校及其宗旨的献身精神仍然存在：学生在努力学习，患者继续来此住院治疗，门诊部仍是人满为患，各研究实验室工作积极并富有成果。实际上，医院门诊部和病房已不堪重负，只能将患者介绍给其他医院。但是，许多患者宁愿几乎是无限期地等着在北京协和医学院就诊。亨利.霍顿(Henry Houghton)博士当时是北京协和医学院的常务副院长，他说：“这可能让人感到洋洋得意，但也使我们处境尴尬，而且对患者来说也不安全。”
1941年8月，霍顿博士会见中国医学委员会的董事，讨论将工作人员转移到中国西部的想法。该学委员会担心，日本人可能会将日本医生安插在重要职位，达到利用这家医院的目的。但最终，董事会决定反对这一“漫长、艰险”而且只有男人才能“偷偷”完成的行程。
有关这所学校将要关闭的流言已经传开，因此学校发表了一个声明：“不会考虑改变北京协和医学院的计划，除非出现董事会无法控制的局面而有此必要。”
他们决定不作改变而继续执行计划，希望公开的战争不会爆发。但是，随着1941年12月7日(在中国是12月8日)日本轰炸珍珠港(Pearl Harbor)，上述“董事会无法控制的局面”出现了。