弘一大师对于此事显然十分气愤，他说："我从出家以来，对于佛教向来没有做过什么事情。这回使我能有弘律的因缘，心头委实很欢喜的。不料第一次便受了这样的打击。一月未睡，精神上受了很大的不安，看经念佛，都是不能。照这情形看来，恐非静养一二年不可。"他又在给胡宅梵的信中说："余近二月来，因律学院事牵制逼迫，神经已十分错乱不宁。披阅书籍，往往不能了解其义（昔已解者，今亦不解），几同废人。现拟静养治疗，未知能复元否。"
但是困难并不能使他后退，他又说了："虽然，从今以后，我的一切都可以放下，而对于讲律之事，当复益精进，尽形寿不退。"
确实，他在五磊寺讲律未成，但仍撰了《南山律苑杂录·征办学律义》八则，对近代传戒不如法的情况，以问答体裁，辨明传戒本义。大师的撰述，由以下两则可见诸一斑：
问："百丈清规，颇与戒律相似，今学律者，亦宜参阅否？"
答："百丈于唐时编纂此书，其后屡经他人增删，至元代改变尤多，本来面目，殆不可见。故莲池、蕅益诸大师之说，今未及检录，唯录蕅益大师之说如下文云：'正法灭坏，全由律学不明。百丈清规久失原作本意，并是元朝流俗僧官住持，杜撰增饰，文理不通。今人有奉行者，皆因未谙律学故也。'"
问："今世传戒，皆聚集数百人，并以一月为期，是佛制否？"
答："佛世，凡受戒者，由剃法和尚为请九僧，即可授之，是一人别受也。唐代虽有多人共受戒者，亦止一二十人耳。至于近代，唯欲热闹门庭，遂乃聚集多众。故蕅益大师尝斥之云：'随时皆可入道，何须腊八及四月八？难缘方许三人，岂容多众至百千众也。'至于受戒之时，不足半月即可受了，何须多日。且近代一月聚集多众者，只亦令受戒者，助作水陆经忏及其他佛事等，终日忙迫，罕有余暇。受戒不须多日，所最要者，和尚于受前受后应负教导之责任……。"
弘一大师在写了"清凉歌"后曾接到厦门广洽法师的来信，邀请他到闽南去。这时候大师也念及在闽的诸位法侣，就决定由上海乘海轮南下。但在上海的时候，弘一大师的朋友们都觉得目前时局不定，日本人的动作，大小都是有可能的，于是再三劝阻，建议静观一些时日。弘一大师赴闽不成，来到宁波白衣寺。这时，五磊寺主又找上门来。岫庐在《南山律学院昙花一现记》中说："栖莲和尚见事情弄糟，情急智生，又往宁波白衣寺恳求法师。果然……欲到厦门去过冬的法师，在上海住了一星期，又只身回五磊寺来了。他大概是想到：既不能从心办学，不免对不起良心和素志，徒然拘束，不如走回来与栖莲和尚作彻底的解决。"这便有了一份契约的诞生。这份契约由弘一大师提出口头问话，栖莲和尚根据自己的答复写成，并请亦幻、永睿两法师作见证人。
他们的约定有十项：
一、于五磊寺团结僧伽，恭请弘一法师讲毗尼，不立律学院名目；
二、造出僧材之后，任彼等分方说法，建立道场，以弘法为宗旨；
三、暂结律团，在法师讲律期内，无有院长、院董名称；
四、大约几年可以造出讲律僧材，随法师自为斟酌；