孙思邈与佛教，在正史中仅仅有《旧唐书》"兼好释典"及佛学史中道宣传记里提到的"与孙思邈处士，结林下之交"外，就没有可靠的资料，所以两部《千金方》才是可以反映出孙氏佛学思想的最好证据。也有人认为两部《千金方》吸收了"四百四病"学说，采纳了天竺国传入的方药、迦瑜功，不断地接受青婆治病方法，就作为是孙氏崇佛的依据，其实错了，这不过是在医学学术上的流交渗透，与佛学思想毫不相干。而且天竺是天竺，佛学是佛学，犹如用"中国"两字决不可以代表道教一样，天竺怎能等于佛学。而且耆婆是男性医师而绝非和尚。
考佛学的基本教义是：把现实人生断定为"无常"（见《涅槃经》的"是身无常，念念不住，犹如电光暴水幻炎）、"无我"（指世界上一切事物，都没有独立的实在自体。内又有"人空"，即"人无我"。说人的称为"色蕴"的物质世界与称为"受蕴""想蕴""行蕴""识蕴"的精神世界，没有常恒自在的主体。与称为"法空"的"法无我"。说是一切法都由种种因缘和合而生，不断变迁，无常恒坚实的主体）和"苦"（《佛地经》"逼恼身心名苦"，是最好的解释。因为凡是一切境界，我们接触到的时候，凡不合或不满足自己意趣感受，就能引起痛苦，这乃是苦。因为要合适或满足自己意趣的毕竟不多，而且今逃说这个事物合适或满足了自己的意趣，但明天这个合适或满足的要求又提高了，那末苦又来了。所以这个苦任何人都有，永远也不能不苦，所以称为"人生是苦"）。这种苦的原因，既不在超现实的梵天，也不在社会环境，而全在于自身的"惑"和"业"所致。"惑"指贪、瞑、痴等烦恼。"业"是指身、口、意等活动。"惑"与"业"是因，是造成"苦"的果。因而也进一步必然的"善恶行为，轮回报应"。《要方·大医精诚》的"不得起一念蒂芥之心"、"无得似有所娱"。"食如无味"、"看有若无"等语，都是浸透了禅理这个思想。
《翼方·退居》的"若知进不知退，知得不知丧，嗜欲煎其内，权位牵于外。其于过份内热（热中之热）之损，胡可胜言。况乎身灭覆宗之祸，??"就是具体而形象化地描述和分析"苦"的种种。
要解脱"苦"，唯有依赖经、律、论三藏，修持戒、定、慧三字，用来彻底转变自己世俗欲望和认识。超出生死轮回范畴。这里的"经"是佛说的教法，"律"是佛法，"论"是佛门弟子论佛语、议法相，与佛相应者，用现代语来说是学习心得的记录。以上三者，合称"三藏"。"戒"是要学习如来佛能自我制身、口、意"三业"，称为戒法身，属"五分法身"中"一戒"。"定"是要学习如来佛的真心寂静，远离一切妄念，称为定法身，属"五分法身"中"二定"。"慧"是学习如来佛的真智圆明，观达法性，称为慧法身，属"五分法身"中"三慧"。在《翼方·退居·养性》的"以香沾之，身数沐浴，务令洁净，则神安道胜也，??自然事闲，无物相恼"，就是体现了这"一戒、二定、三慧"几个解脱一切束缚来获得涅槃的精神思想。
在这里我们更不应该对孙氏"以香沾之"一语等闲视之或视而不见、见而不加深究。考"香"在佛门中号称"佛使"。因为焚了香、献了花在以"大佛顶首楞严神咒"、"千手千眼无碍大悲心陀罗尼"及十小咒为内容的朝课与以"南无莲池海会佛菩萨阿弥陀经"、"礼佛大忏悔文"、"三皈依"等为内容的暮课中不可缺少的礼节仪式。在《金刚经①·持经功德分》中就强调："在在处处，若有些经，一切世间天人阿修罗所应供养，??以诸花香，而敬其处。"理由是"香"可以通过一缕镣绕、碧篆青烟，把人的灵性通达到佛的面前，使佛与人灵犀相通，一如使者一样。从这里的焚香以及把前后文章连贯起来细咀，更证实孙氏与佛学的紧密联系。
内"无物相恼"，在习惯上多为"相烦"。现在孙氏不写贯用的"相烦"而独取冷癖的"相恼"，正是因为袭用《佛地经》的"逼恼身心名苦"而得。"定法身"是"五分法身"中主要的成佛功德法之一。《翼方·养性·养老大例》中"无喜怒，无极视，无极听，无大用意，无大思虑，无吁嗟，无叫唤，无吟吃，无歌哨，无啈啼，无悲愁，无哀恸，无庆吊，??可无病长寿，斯必不惑也"，就是定法身中的全部思想。更必需一提的是"斯必不惑也"的"惑"字，已非儒之"惑"而是佛家之"惑"。因为儒家之"惑"的解释，是迷惑，例如《论语·为政》的"四十而不惑"。佛家之"惑"是烦恼，例如《百法明门论·忠疏》的"惑谓根本及随烦恼"。这里如其以儒家之惑来解释，则是无法说得通的。
六道轮回，也是佛教教义重心之一，而且即使教外人也大多知道。意思是众生在三界、六道中的去处，要凭你生前为善为恶的程度来支配。《法华经·方便品卜"以诸欲因缘，坠堕三恶道，轮回六趣中，备受诸苦毒。"总的一句话，是生前善行者升天为人，恶行者入地狱、饿鬼、畜生三道中去。孙思邈就把这个"六道轮回"学说贯彻到医书中来，如《要方·大医精诚》的"人行阳德，人自报之。人行阴德，鬼神报之。人有阳恶，人自报之，人有阴恶，鬼神害之。寻此贰途，阴阳报施，岂诬也哉"，及《翼方·养性·养性禁忌》的"人为阳善，人自报之。人为阴善，鬼神报之。人为阳恶，人自治之。人为阴恶，鬼神治之。故天不欺人，示之以影，地不欺人，示之以响"。更其是两文最后两句话，完全是释家口气。
不少人把华严宗所立十宗之一的"一切皆空宗"，错误的认为佛教就是"一切皆空"，错了。假如真的一切皆空，那末在这样也空、那样也空、什么都是空的世界就什么也都没有了。什么也都没有了，势必干好事也可，干坏事也可，在糊糊涂涂中混生活，佛教的本身也没有了，还成什么世界！其实佛学中"空"的意义是有着最高深的哲学在内。诸佛菩萨，就是悟到空的真理而成为诸佛菩萨的。佛家的"空"字，绝非不是"虚无"。而是指事物的变幻莫测，指机理的空寂明净。所谓世界一切现象皆是因缘所生。乍生乍灭，俱在刹那之间，没有质的规定性和独立实体。所以佛教的"空"，并非什么都虚无没有，相反、样样都有，非但不是消极而是相当积极的。且看他们的割肉烧擘的舍身，我不入地狱谁入地狱的精神，为了拯救芸芸扰扰如在海中受苦的众生，本慈悲之旨，施宏大法力来引渡到彼岸。为了别人甚至禽鲁的摆脱苦难，竟然还有过摩河萨埵舍身饲虎不可思议的故事，谁说是消极的。孙氏在《要方·大医精诚》中的"精勤不倦，??先发大慈恻隐之心，誓愿普救含灵之苦"的思想，就是这个精神。也正是为了这个积极因素的鼓励而孙氏更奋发图强的学习、读书、行医、著书立说来拯救与普渡众生。《要方·大医习业》》："不读内典（注：原文作经，是错的。因为下① 《金刚经》1 卷，即《金刚般若密陀经》的简称。内容是讨论世界上一切事 物，都是空幻不实。认为应该"离一切诸相"而"无所往"。意思是对现实世界不应 该执着或留恋。
文为'则不知有慈悲喜舍之德'。《内经》没有这慈悲喜舍之说。《典》是佛门称佛学文献的总称，在佛门才有慈悲喜舍学说，而且还是重点所在。佛门也有《外典》一词，指的是不属于佛教的文献），则不知有慈悲喜舍之德"。考"慈悲"为佛教常用术语，意思是"与乐曰慈，拔苦曰悲"。《大智度论①》："大慈与一切众生乐，大悲拔一切众生苦。""喜舍"也是佛家术语，指用钱财或自己身上的活组织来救济他人的灾难，称"喜舍"，又称"净舍"、"净施"。其中"慈悲"一言，人尽皆知，而"喜舍"一词，鲜为人知，今孙氏信手拿来，可知孙氏对佛教的研究，已不是一般性的泛泛涉猎而已。《要方·大医精诚》："大医治病，必当安神定志。"佛学认为凡人做事，必须专心注一境而不散乱其神，然后可以取得准确的认识和作出准确的判断。"安"字，在佛学上的定义是"谓心，期待于某一点而安住于此，确乎不动也"。"定"字，为"定止心于一境，不使散动"。所以他经常和"掸"联在一起而称为"禅定"。孙氏的"安神定志"，即佛家的"心一境性"。
《又》"不问其贵贱贫富，??普同一等"思想。古天竺把人民分为四级，称四姓。一婆罗门、最高贵；二刹帝利、相当于中国的绅士；三吠舍、为一般老百姓；四戍陀罗、为农奴、贱民。四姓之间，身价悬殊，地位绝对不同，相当不公平，更其是戍陀罗，最为下层低贱。所以佛教就提出"四姓平等"口号，孙氏的"普同一等"十分符合于"四姓平等"思想。
《又》："??多用生命以济危急，虽曰畜贱人贵，??夫杀生求生，去生更远。"考佛教有"五戒①"、"八戒②"、"十戒③"，其中第一戒，就是戒杀生。
《又》："寻此二途，阴阳报施，岂诬也哉。"因果学说，也是佛教中主要理论之一。《观无量寿经》④："深信因果，不谤大乘。"佛门认为"因者能生，果者所生"，有因必有果，有果必有因。因是为果而预设，果是由因而产生。它的特色，就是《瑜咖师地论⑤》谓之："已作不失，未作不得。"这种报应，是无法逃避的。孙氏这节文章，正是为因果学说再加一个肯定。《又》："性自为善，不习无不利也。性既自善，内外百病皆悉不生，祸乱灾害亦无由作：此养性之大经也。"这里的善，是指不违叛佛教教理而言，与恶相对。笼统地说，即《大乘义章①》的"顺名为善，违名为恶"，顺理为善，逆理为恶"。再具体一些说，是指法相宗心所法之一，内有：信、惭、愧、无贪、无瞑、无痴、精进、轻妄、不放逸、行舍、不害。的确，人① 《大智度论》100 卷，天竺龙树菩萨撰，秦罗什译成汉文。
① 五戒：一不杀生戒，二不偷盗戒，三不邪淫戒，四不妄语戒，五不饮酒戒。② 八戒：一不杀生、杀有情之生命也，二不与取、取他人不与之物，三非梵行、男女媾合也，四虚妄语、与心相逆之言说也，五饮诸酒、饮酒也，六涂饰鬘舞歌观听、身涂香饰花鬘、观舞蹈、听歌曲也，七眠坐高广严丽床上、坐卧于高广严丽之床上也，八食非时食、食非时之食。
③ 十戒：一不杀生，二不偷盗，三不淫，四不妄语，五不饮酒，六不着华鬘好香涂身，七不歌舞娼妓、亦不往观听，八不得高坐广大床上，九不得非时食，十不得捉钱金银宝物。④ 《观无量寿经》又名《观无量寿佛经》或《观经》1 卷，为净土三部经之一。弘扬西方阿弥陀极乐净土，无限美妙庄严。
⑤ 《瑜珈师地论》100 卷，弥勒菩萨说，玄奘译。
① 《大乘义章）20 卷。隋·净影寺慧远撰。分义为五聚：一教聚，二义聚，三梁聚。四净聚，五杂聚。们能够这样实行其善，是可以养性而健康。
且看《要方·大医精诚》中警句，不少是"十戒"的具体行动。例如："杀生求生，去生更远"（一戒杀生）；"炫耀声名，訾毁诸医，自矜已德"（四戒妄语）；"醽醁兼陈，看有若无"（五戒饮酒）；"纵绩罗满目，勿左右顾的"（六戒涂香饰鬘）；"丝竹凑耳，无得似有所娱"（七戒不视听歌舞）"珍羞迭荐，食如无味"（九戒非时食）；"不得以彼富贵，处以珍贵之药，令彼难求"（十戒不得捉钱金银财物）??等等。
《要方·风毒脚气·论风毒状》"今有病者，有受入性依法"，完全是佛门语。佛有"法四依"学说，内容为"一行四依、二法四依、三人四依，四说四依"，这是第四款的"依法不依人"。
《要方·序例·合和》的"六根不具足人"。按《俱舍论②》："五根者，所谓眼、耳、鼻、舌、身根。"就是说眼为视根、耳为听根、鼻为嗅根、舌为味根、人为触根。再加上《大乘义章》"六根者对色名眼，乃至第六对法名意"的意根，也即是念虑根。考"根"乃罪孽根源，六根者六种孽根。孙氏这里的"六根"是代表着眼、耳、鼻、舌、身、意（思维）。"不具足"就是不完全。意指四肢、七窍甚至精神上残缺不全的人。所以此言，也完全出之于佛家。
《要方·养性》"百年之内，斯须之间"，是《俱舍论》"极微字刹那，色名时极少"的意思。也有人认为是《庄子·知北游》的"人生天地之间，若白驹之过隙，忽然而已"，当然也可以。至于他毕竟引用的是佛是道？只能起孙氏于地下，才能清楚。更有人说，这是李白《春夜宴桃李园序》"光阴者，百代之过客，而浮生若梦，为欢几何？"的翻版，笔者认为不然。因为《庄子》在战国，《俱舍论》的传入亦在孙氏在世之年①，所以以上两书，孙氏当然读到。《春夜宴桃李园序》，孙氏怎能看到。
《要方·养性·道林养性》"是之勿外缘"。外缘为佛家语，意指外面来的各种刺激，与内因相对而言。典出《起信论》②，谓："用重习者，即是众生外缘力，如是外缘有无量义。"《翼方·养性·正禅方》："定累一年得四禅定，万相皆见，怀欲界、观境界如视掌中，得见佛性。"考四禅定，是合：初禅、二禅、三禅、四禅而成的四禅定。用佛家的话来说，是"一心考物为禅，一境静念为定"。也称四禅四定。总的意思是通过四禅定后，好的坏的都能了如指掌，自己也感到有接近于成佛的境界。考佛性的含意，《华严经·三十九》："佛性甚深真法性，寂灭无相同虚空。"孙氏借用过来，是说明，使心境里归真反朴，心无邪念。
《翼方·辟谷·服水》"先发广大心，仍救三涂大苦，普渡法界含生"。
在佛经里称"广大"者，意思是大的美德，广大心即美的心灵。三涂，即三途：其一为火途，为火所烧的地狱；其二为血途，为相互残杀之途；三为刀途，为饿鬼趣以刀剑杖逼迫之厄，这都属"苦境"。"法界"一，辞，在佛教里有很多的解释，用在这里则为泛指一切事物。例如《惧舍论》的"能持② 《俱舍论》全称《阿毗达摩俱舍论》30 卷，为阿毗达摩的论说汇集而成的 一部佛学著作。① 《俱舍论》为玄奘所译，孙氏完全可以读到。
② 《起信论》全称为《大乘起信论》，天竺马鸣菩萨作。在中国有两种译本：一为梁·真谛和尚译本，作一卷。一为唐·实又难陀译本，作二卷。
自相，故名为界，或种族义"。"含生"佛教指具有生命的东西，都称含生，这里当然是专指人而言。这一句佛学气息十分严重的句子，用现代语来翻译，是：首先发出美的心灵，拯救在水深火热之中的苦难大众。
《又》"烧香礼十方诸佛"。这是禅门礼拜仪式之一，就是向东、南、西、北、东南、西南、东北、西北及上、下十个方向膜拜。这种膜拜仪式，只有佛教所特有。
《又》"上根之人，一服如甘露；中根之人，再服如甘露；下根之人，四服如甘露；极下根者，六服如甘露"。考"根"字在佛教里的解释，《俱舍论》上"根者是何义？最胜自在光显名根，由此总成根增上义"。就是说，根的意义是"能生"，具有促进增生、增殖作用的"增上"。如眼根生眼识，耳根能生耳识。又人性有生善恶作业之力，故也称为根性。所以上根、中根、下根、极下根者，是指根的厚薄、深浅之谓。
《翼方·退居·择地》："??便可构居，若有人功，可至二十亩。更不得广，广则营为关心，或似产业，尤为烦也"。在字面上看，似乎除了"烦"字之外，未感有佛教气息，但实质上完全是佛门语。盖佛家最忌"惑""业"两字，惑中之"贪"，更为严重。孙氏极力主张不贪不惑。如其对身外物一加关心，已经开始不知不觉中坠入惑壑贪欲谷而不能自拔。因为"心迷前境，目为之惑"（引《探玄记①》原文），如无身外之物，心当然不为之迷了。孙氏这节文章，实实在在饱涵着《法华经②》"诸苦所困，贪欲为本。若灭贪欲，无所依止"的真谛。
《要方·养性》："故愚者抱病历年，而不修一行。"考"修行"两字，即世间人专做好事不做坏事的意思。原出《庄子·太宗师》的"修行无有，而外其形骸"。之后，儒家也用，如《淮南子·诠言》"君子修行而使善无名"，但到佛教传入中国后，从此即为出家当和尚或比丘为修行了，《晋书·鸠摩罗什传》"为性率达，不拘小节，修行者颇共疑之"可证。但同与做好事不做坏事之说并行者，还有佛门的认为从因到果的功德，有"五转"阶段，第一转为发心；第三转为菩提；第四转为涅槃；第五转为方便究竟，这个"修行"，是第二转。
《翼方·退居·杂忌》："诵言紧沙迦罗。"考紧沙迎罗，是佛经中人物，为似人非人，似神非神，介乎人神两者之间的头上生角的人形怪物。孙氏而不精佛经，那能知道。
《要方·诸风·风痱》："寻之即用。"考"寻"字，佛教小乘俱舍宗立一切法的第七十五，内"六不定地法"的第一，即为"寻"。它的意思是寻求事理，粗糙莽撞而不深入。
除此以外，两部《千金方》中引用的佛家言语也不少，如：《要方·妇人方上·求子》"不能施化，施化无成"。典出《法华玄义》③的"如来施化之意"。
《又》"阳施阴化"。与上同义。
《要方·小肠腑》"种种形相"。形，典出《无量寿经》的"国中人无，形色不同"。相，典出《华严经》的"无边色相，圆满光明"。形相用在一① 《探玄记》全名《华严经探玄记》20 卷，唐·法藏和尚撰。
② 《法华经》即《妙法莲华经》18 卷，为高僧鸠摩罗什译。
③ 《法华玄义》全名为《妙法莲华经玄义》20 卷，为法华三大经书之一。起，即形体与色采。这里的形相，是说病人的精神状态与机体表现。其实中医方面对此的形容词也不少，而孙氏独独采用佛家语来表达，证明孙氏对禅门语言是十分熟悉的。
《要方·脾脏·脾脏脉论》"万物众色不同"。即众生色相。
总之，孙氏在医学方面的吸收佛教精神，最主要而又有益的思想是"舍身渡众"！正是有了这种精神和思想，更促使其工作的踏实与医德的崇高。