随着时间的推移，朱厚熜总觉得这件事情有蹊跷，定得太仓促了。念及与端妃往日的情分，朱厚熜认真思考起当晚的谋杀案来。他仔细诘问端妃周边的宫女，得知端妃事先对谋杀案并不知晓，显然是被冤杀的。他判断，这是一件相当简单的宫女自发的叛逆事件，没有后台，和端妃、宁嫔没有关系。方皇后主导这样定案，显然是公报私仇。被愚弄的朱厚熜要惩罚方皇后，可又认为方皇后毕竟对自己有救命之恩，不忍加害。于是皇帝与皇后有了隔阂。嘉靖二十六年，后宫发生了大火。朱厚熜当时不在大内，当太监们来报称大火已经烧到了皇后宫院时，朱厚熜不允许人们去救火。据说他还自言自语说：“真是报应不爽，那东西喜欢害人，今天是在劫难逃了。”大火灭后，方皇后被严重烧伤，奄奄一息。朱厚熜也拒绝看望皇后。方皇后很快就死了。朱厚熜是个很矛盾的人，又想起方皇后生前的种种好处来，亲自给她定谥号为孝烈，预定的葬地取名为永陵。

“壬寅宫变”就此完全结束。因为事涉宫闱隐秘，明朝政府对此极力掩盖。史籍资料很少记载。官府三缄其口，结果造成民间各种说法不胫而走。这次宫变成为了明代宫廷的一桩疑案。

“壬寅宫变”的凶手和过程都相当简单，能引人遐想和民间热议的就是原因了。如果说杨金英是因恨生变，那么其他宫女为什么参与弑君呢？为什么整件事情预谋准备多日，没别人告发呢？

第一种说法也是流传最广的说法是，“壬寅宫变”是由于嘉靖帝为修炼悟道虐待宫女导致的。这一切还得从朱厚熜迷信道教说起。朱厚熜原本是兴王，以藩王身份入主大统。兴王家有宠信道教的传统。嘉靖二年西北大旱，秋天南边又发生水灾，朱厚熜对天灾一筹莫展。太监崔文趁机上奏称道教方士的打醮可以禳祸。朱厚熜于是召见了方士邵元节在宫中设坛，又挑选了二十个年轻太监穿上道士服装，学习诵经等事。紫禁城的乾清宫、坤宁宫、西天厂、西番厂、汉经厂、五花宫、西暖阁、东次阁等地方陆续建起了道坛，宫中俨然成了一座大道院。道教仪式对消除天灾是否有27 效不得而知，但朱厚熜却从虚幻复杂的道教仪式中找到了精神慰藉。之后他几乎把全部心思都放在了修仙悟道上了。

皇帝宠信道教，如果仅限私人行为，有所节制，也无可厚非。可朱厚熜的宠信道教扩展为了国家行为。首先，他让明朝的天下染上了浓厚的道教宗教色彩。为了宠道废佛，朱厚熜毁去金银佛像169座，佛教金银器物1300多斤，当街焚烧。道士在嘉靖年间地位崇高，道教开始涉足政治。道士邵元节、陶仲文、段朝用、龚可佩、胡大顺等先后被封为朝廷大员。朱厚熜滥行斋醮，不斋则醮，月无虚日。朝廷政事无论大小朱厚熜都向神仙请示，不灵验就请示再三；若灵验就大肆酬谢神仙的恩典。朱厚熜逐渐发展到不再上朝，终日斋醮而已。其次，明朝的人才选拔制度也被道教色彩所笼罩。朱厚熜看一个人，不是考察他的政绩，而是看他写“青词”（祷告神灵用的，写在一种青藤纸上的词）的能力。夏言首先因为青词写得好而当上了内阁首辅。于是，钻研青词的写作就成为一些看风使舵官员的必修课。后来，严嵩因为写了两篇精彩的文赋而受到嘉靖的赞赏，由礼部尚书拜为武英殿大学士，参与军机，最后掌握了大权。

朱厚熜还大肆炼制丹药。他年过五十后，体力和精神都大不如前。后宫的嫔妃越来越多，朱厚熜却没有能力逐一应付。许多嫔妃也有怨言。方士梁高辅八十多岁了，须发皆白，自称有养生之术，就教给朱厚熜一种炼春药的方法。朱厚熜按照他的方法，挑选了八岁至十四岁的少女三百多人，在宫里养起来，用七七四十九个童女的初潮之血精心合成药丸，称为“先天纯红丹”。朱厚熜服食后果然感觉强健了一些，于是封梁高辅为通妙散人，还选了一百六十多个十岁左右的少女给他充当醮坛役使。从嘉靖二十六年（公元1547年）到嘉靖四十三年（公元1564年）间，明朝宫廷选进了1080名八岁至十四岁的幼女。这些宫女饱受虐待。朱厚熜因为听方士们说用每天早上的露水炼丹效果好，可以长生，又驱使许多宫女凌晨就出去采集露水。为保持宫女的洁净，他不允许宫女们吃饭，而只能吃桑叶、饮露水。为了采得足够的炼丹原料，朱厚熜还强迫宫女们服食催经下血的药物。